Altaïr, membre de la confrérie secrète des Assassins de Masyaf pendant la Troisième Croisade, doit exécuter neuf hommes afin de retrouver son statut de maître Assassin qu'il vient de perdre à la suite d'une mission capitale. Le jeune Assassin exécute ses cibles, sur ordre de son maître, Al-Mualim. Altaïr apprend alors que ses cibles font également tous partie de l'Ordre du Temple. Ces assassinats font suite au vol de l'Orbe d'Eden par la Fraternité des Assassins , qui l'avait reprise aux Templiers, eux-mêmes l'ayant déjà dérobé aux assassins. Cet artefact aurait des pouvoirs divins, selon Al Mualim :il aurait ouvert la Mer Rouge en deux... Altaïr exécute les ordres, en se posant de plus en plus de questions après avoir vu ses victimes persuadées de faire le bien, de vouloir la même chose que lui, mais celui-ci veut retrouver son honneur. Le jeune Assassin de Masyaf se rend alors compte qu'il avait été victime de la manipulation de son maître Al-Mualim, ayant embrassé la cause des Templiers . Le mentor se retrouve seul possesseur de l'Orbe . Un combat à mort s'engage alors, et Altaïr triomphe... Mais son ancien ami Abbas, proteste, l'accusant de vouloir prendre le pouvoir. Altaïr est contraint de s'exiler mais reviendra quelques années plus tard...