À Londres, Haytham assassine un homme pendant une représentation, et lui vole un médaillon censé être une clé ouvrant le Temple. Il est envoyé en amérique pour le trouver et débarque à Boston . Haytham assassine un marchand d'esclaves, libérant ainsi un groupe d'esclaves Mohawks. Une femme nommée Kaniehti:io (ou Ziio), accepte de l'aider s'il tue le général Edward Braddock . Lorsque c'est fait, Haytham et Ziio voyagent jusqu'au Temple.

Le jeu reviens alors sur Ratonhnhaké:ton, le fils de Haythamet Ziio. Son village est attaqué par des soldats coloniaux, menéspar Charles Lee, l'un des alliés de Haytham. Des années plus tard, la doyenne du village explique à Ratonhnhaké:ton, que la tribu est la gardienne du Temple. Elle lui indique la demeure d'un vieil Assassin, Achilles Davenport.

Après des années d'entraînement avec Achilles, ce dernier lui suggère de changer de nom et le jeune Assassin devient « Connor Kenway ». Il commence à traque les Templiers avant d'être accusé par les Templiers d'être responsable du massacre de Boston. Alors qu'il s'échappe, il est secouru par Samuel Adams et Connor participe alors ensuite à la Boston Tea Party.

Au cours des années suivantes, Connor assassine chaque Templier. Cependant, leur grand-maître – et son père – Haytham Kenway, ainsi que Charles Lee, restent introuvables. Connor rencontre son père et les deux forment une alliance temporaire dans le but d'éliminer un ennemi commun.

Connor a de plus en plus de mal de remplir sa mission d'éliminer les Templiers. Ayant œuvré avec succès avec Haytham, Connor décide d'essayer de le convaincre de le rejoindre après qu'ils aient éliminé Charles Lee. Haytham reste impassible et continue à protéger Lee. Alors qu'il infiltre le camp où se trouve Lee, Connor est arrêté par Haytham. Ils se battent en duel, et Connor l'assassine. avant de traquer Lee et de l'assassiner.